Кроме редких исключений, внешние покровы рыб представлены кожей с чешуей. Как и у всех других позвоночных, кожа рыб делится на дерму и ороговевший эпидермис (поверхностный пласт). Железы в эпидермисе секретуют мускусоподобный экстракт, который защищает внешние покровы животного. В формировании чешуи принимают участие как внешние, так и внутренние пласты кожи. Хрящевые рыбы имеют плакоидную чешую, которая гомологична зубам всех позвоночных; заходя в рот, плакоидные чешуи, собственно, и превращаются в зубы у акул и скатов. Плакоидная чешуя состоит из дентина, который формирует основу, а сверху покрыта эмалью. По химическому составу эти дентин и эмаль не отличаются от дентина и эмали зубов человека. Утраченные плакоидные чешуи не возобновляются, но при росте рыбы их количество увеличивается. У некоторых хрящевых рыб (например, у черноморского катрана) плакоидные чешуи могут превращаться в большие колючки. Костистым рыбам присуще несколько разных типов чешуи. Чешуя костных рыб Ганоидная чешуя имеется у наиболее примитивных из лучеперых рыб, например, осетровых. Она сформирована костяными пластинками, которые сверху покрыты пластом похожего на дентин вещества — ганоидин; часто такая чешуя покрывает тело рыбы сплошным защитным панцирем, как в семействах Polypteridae и Lepisosteidae. Для ископаемых кистеперых и Двоякодышащих рыб, а также для современных кистеперых рыб, характерная космоидная чешуя, внешняя поверхность которой образована пластом космина (откуда походит название), а сверх него — дентина. Космин подстилается пластом губчатой кости. У современных видов кистеперых и двоякодышащих рыб внешний дентиновый и внутренний губчатый пласты постепенно редуцируются — у современных видов рода Латимерия на поверхности чешуи сохранились лишь одиночные бугорки дентина. Чешуя настоящих костистых рыб называется эласмоидною и делится на ктеноидную (зубчатую) и циклоидную (округлую), на основании формы внешней кромки. В отличие от большинства подвидов плакоидных и ганоидних чешуй, циклоидные и ктеноидные расположены так, что передние накладываются на задние, а сами чешуйки анатомически являются тонкими костными пластинками; в последнее время было установлено, что гребенчатая поверхность ктеноидной чешуи улучшает гидродинамические свойства рыб. Окраска рыб может варьировать в очень широких пределах: от однотонной практически всех возможных цветов, до маскировочно «камуфляжной» или, наоборот, подчеркнуто яркой «предупреждающей» .
