В своем опыте Миллер использовал газовую смесь, состоящую из аммиака, метана, водорода и водяного пара (по предположению Миллера, именно эта смесь преобладала в первичной атмосфере Земли). Так как эти газы не могли вступить в реакцию в естественных условиях, он подвергал их воздействию электрической энергии, имитируя грозовые разряды в атмосфере. Эта смесь кипятилась, подвергаясь воздействию электрических разрядов. Проведенный анализ показал, что из двадцати аминокислот, составляющих основу любого белка, образовались только три, при чем молекулы были “неживыми” . Позднее учеными было доказано, что первичная атмосфера состояла из двуокиси углерода и азота, а не из водорода, метана и аммиака. При взаимодействии двуокиси углерода и азота органические вещества не образуются или образуются в небольшом количестве. А свободный кислород, котрый бы находился в первичной атмосфере, вообще бы разрушил органические соединения. То есть Миллер специально выбрал для себя нужные газы, которые бы подходили для синтеза аминокислот, но вовсе не те, что были в первобытной атмосфере. Через несколько лет молчания Миллер сам признал, что среда, которую он использовал в своем опыте, была не настоящей. Эксперимент Миллера был лишь искусственной, контролируемой лабораторной работой, направленной на синтез аминокислот. Виды и количество использованных газов были подобраны в самой идеальной для образования аминокислоты пропорции. То же самое касается и количества энергии, использованной для получения желаемой химической реакции.
